На втором этапе Большое жюри (около 20 человек), также формируемое Оргкомитетом и состоящее в основном из профессиональных литературных критиков разных направлений, оценивает выдвинутые произведения. При этом жюри никогда не собирается вместе и ничего не обсуждает коллективно. Каждый критик отбирает из всего прочитанного два произведения, одному из которых выставляет 3 балла, а второму — 1 балл. Результаты отбора также публикуются — с указанием того, кто как проголосовал. Произведения (5—6), набравшие наибольшее число баллов, образуют «короткий список».
На третьем этапе Малое жюри, формируемое Оргкомитетом и состоящее уже не столько из профессиональных писателей, сколько из просвещённых читателей, авторитетных деятелей искусства, политики и бизнеса, — делает выбор из произведений «короткого списка». Голосование происходит во время процедуры присуждения премии, как правило, в последнюю пятницу мая в Санкт-Петербурге. В случае, если за два произведения участниками Малого жюри подано одинаковое количество голосов, право определить победителя предоставляется Почётному председателю Малого жюри.
В 2001–2016 годах победитель получал денежную премию, эквивалентную 10 000 долларов, которая делилась в пропорции 7:3 между ним и номинатором, и становился членом Малого жюри следующего цикла премии. Финалисты получали поощрительные призы, эквивалентные 1000 долларов. С 2017 года победитель получает денежную премию в размере 1 000 000 рублей, которая делится в пропорции 9:1 между ним и номинатором, и всё так же становится членом Малого жюри следующего цикла премии. Финалисты получают поощрительные призы в размере 60 000 рублей. И главный, и поощрительные призы вручаются лишь при условии присутствия финалистов или их доверенных лиц на заключительной церемонии.
