spiny начнем с CoolReader. Этот читает прекрасно fb2, fb2.zip. С остальными форматами туго у него. Понятно, что .zip просто не читает.
По "движку" самого Либрусека лучше писать на Либрусеке. Сделан он на основе Друпала. БД постоянно в работе и "улучшениях" (каких то удачных, каких то неудачных, ИМХО). Флибуста пока на "движке" прошлогоднего состояния Либрусека, но идет работа по новому "движку" (вроде бы как Бригантина назвали новый).
Дальше наступает разница в политике библиотек Либрусек и Флибуста: Либрусек с конца прошлого года стремится к монетизации предоставления книг, Флибуста - свободна полностью.
Остальные вопросы слабо понятны, они, я так понимаю, должны быть привязаны или к конкретному каталогизатору (тогда могу подробно пояснить), или к собственному Вашему проекту (проще говоря, Вы пишите свой каталогизатор). готовые могут качать книги если их открыть в режиме он-лайн в каталогизаторе, но медленно и нудно, поэтому предпочитаем делать из ежедневных обновлений библиотек свои коллекции - качаем ежедневки, собираем в единый zip-архив, качаем дамп БД библиотек... тогда получаем оффлайн и не зависим от доступности-недоступности библиотек. А кроме того, чтобы пакетно качать с Либрусека еще и права надо иметь - не все далеко книги доступны согласно политики Либрусеска с момента монетизации для скачивания.
