Такой вопрос часто возникает, и однозначного ответа нет.
Лично для меня наиболее важна хронология выхода номеров, а не кто сканировал и в каком формате, но это далеко не для всех приемлемо, особенно когда дело касается форматов.
Вариант 1: Всё подряд, например
№ 25, скан библиотеки А.djvu
№ 25, скан библиотеки А.pdf
№ 25, скан библиотеки С.pdf
№ 26.pdf
(замечание: если djvu идентичен PDF (т.е. сделаны с одного исходника), djvu-файлы в раздачу либо не включать, либо включить отдельной папкой).
Вариант 2: По форматам
(не очень удобно, т.к. часто случается, что номер имеется только в одном из форматов).
Вариант 3: По источнику сканов.
(удобно, когда библиотека выложила большую коллекцию сканов, но такое деление неудобно при появлении отдельных номеров из др. источников).
PS. Думаю, тут на усмотрение релизёра, но я бы за отправную точку брал бы
год. Внутри этой папки размещаются номера за соотв. год в хронологич. порядке, при необходимости можно сделать пометку (напр., РГБ) в названии файла.