В ScanKromsator 5.96.2 с разрешением выходных страниц 600 dpi (это увеличило размер получившейся книги, но позволило лучше сгладить неровности букв). Штампы и помарки, оставшиеся после обрезки страниц, естественно, пришлось стереть во время пост-обработки вручную.
Кстати, книги из Докусферы не обязательно скриншотить постранично - там есть опция "печатать". Можно захватывать по 10-15 страниц и выводить в PDF файлы, причем без логотипов. Если брать больше, то система зависает, по крайней мере у меня так. Потом все PDF соединяем в один, и с итоговым файлом уже можно работать дальше.